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劇情大綱:

記憶女神號（Mnemosyne）飛船的船長兔兒（Bugs）在母體的獨立類比中發現一個執行舊代碼的程式，程式的內容重現了《駭客任務》中「崔妮蒂在房間中發現尼歐的位置，結果被母體的幹員發現」的橋段，但不同的是，畫面中的崔妮蒂不是本人而且被幹員抓住。兔兒發現其中一位幹員舉止怪異，竟然是莫斐斯的化身，於是趕在節點被清除前，將他從中救出。

而在母體中的虛擬世界，知名遊戲開發者湯馬斯·安德森根據自己的夢境創作出《駭客任務三部曲》（Matrix）遊戲並成為熱潮。他時常光顧一家咖啡店，因為店內有一位常客很像他在夢中見過的崔妮蒂，不過她卻是一位已婚且為人母、名為蒂芬妮的女性。安德森經常被幻覺困擾，無法分辨哪裡是現實，哪裡是幻覺，心理治療師給了他一些藍色藥丸，說可以幫助他保持理智，但他中途停藥。

有一天，他發現遊戲開發中的原始碼被人入侵，但這個代碼後來被他的生意夥伴史密斯刪除，對方還說他們的投資方華納兄弟影業希望能為三部曲出續作。

兔兒和莫斐斯在母體中定位到尼歐的訊號，然而大家都覺得尼歐應該已經在多年前的機器大戰中犧牲了。跟蹤尼歐的路上，兩人發現是安德森無意識中執行了那個原始碼，讓莫斐斯能從母體中被解放。兔兒與隊友進入母體，定位出尼歐在現實中肉體的所在地，而安德森的生意夥伴史密斯其實就是幹員史密斯幹員，一直在密切監視著安德森的一舉一動。兔兒幫安德森躲避史密斯，此時史密斯啟動了「群體模式」（Swarm Mode），將所有人轉變成武器，用來對付他們。兔兒和莫斐斯說尼歐仍在母體的類比之中，安德森一開始不相信，直到後來他逐漸發現類比中各種破綻，才同意自母體世界中脫離。

尼歐從一個吊艙中醒來，發現崔妮蒂被禁錮在對面的吊艙中，隨即被兔兒的兩個機器人夥伴救走。尼歐被記憶女神號帶到人類新的避難所艾歐（Io），見到已經老去的奈歐碧。現實世界自從上次的大戰後其實已過了60年，存活下來的人類和認為不應消滅人類的部分機器人結盟，攜手對付母體中的異常擾動（Anomaly）。奈歐碧帶尼歐見沙諦，也就是尼歐多年前遇過的流放者小女孩程式。沙諦說自上次大戰後，因解放人類所導致的能源短缺，使得機器和機器之間發生了戰爭；最後導致錫安毀滅、老戰友莫斐斯也因而戰死。之後，異常擾動形成，不知為何卻復活了尼歐與崔妮蒂，並將兩個人與其他培養人類隔離。尼歐想救崔妮蒂，但被奈歐碧禁止，並且下令將尼歐拘禁在牢房中，兔兒、莫斐斯跟其他船員則違抗她的命令，開著飛船帶走尼歐並準備解救崔妮蒂。

尼歐與兔兒定位到母體內有異常活動，一起進去一探究竟，結果遇到史密斯及梅若賓基恩等被流放的程式，他們一心想將母體恢復成原有形態。兔兒一行人大戰流放者，尼歐則正面對戰史密斯，並在打鬥中逐漸恢復在母體中扭曲現實世界規則的能力。史密斯最終被擊敗，兔兒把尼歐帶到蒂芬妮工作的的汽修改裝工廠。尼歐才剛想跟蒂芬妮說話，心理治療師便立刻現身控制住他。心理治療師透露自己真實身分是接替造物主的程式分析師（Analyst），一直在研究人類的心理，逐漸變得強大。他看到尼歐和崔妮蒂最後在戰爭中死去，便復活了他們以研究二人。經過無數次的系統更新迭代，他發現尼歐和崔妮蒂二人分別來看沒有並什麼特別之處，可一旦兩人接觸彼此，產生的不知名能量竟然能夠壓制整個系統，因此只需讓兩個人靠近彼此但保持一定距離避免接觸，就能讓整個母體獲得源源不絕的能量。但如今尼歐逃走破壞了系統的平衡，機器大軍準備再度開戰但被分析師阻止，並以蒂芬妮的性命威脅尼歐必須返回吊艙。

尼歐和兔兒被迫逃離母體，奈歐碧命令另一艘飛船押解記憶女神號立刻返回艾歐。沙諦派出特使前來向奈歐碧與尼歐解釋現況，並表示這其實是個大好機會。原來沙諦的父母設計了復活並囚禁尼歐和崔妮蒂的吊艙，但他們在發現了復活倉的真正用途後將設計秘密轉交給了沙諦，分析師認為沙諦的父母背叛了系統而將他們殺害，這正是沙諦報仇的最佳時機。尼歐說服奈歐碧批准他帶領大家前去解救崔妮蒂。重返母體後尼歐向分析師提議，如果崔妮蒂希望離開母體，分析師不得阻止；而如果崔妮蒂不同意，他就自願永遠被囚禁在母體內，分析師接受尼歐的提議。後來以蒂芬妮身分出現的崔妮蒂來到兩人面前，蒂芬妮的家人卻突然出現，謊稱蒂芬妮的孩子受了重傷，打算以親情勒索迫使她留在母體。但在最後關頭，崔妮蒂拒絕承認自己在母體內的虛構人設，說自己討厭蒂芬妮這個名字，並表明自己就是崔妮蒂。正當分析師準備殺掉二人時，史密斯卻突然現身阻止了分析師的行動，給了尼歐一行人逃跑的機會。尼歐和崔妮蒂一路吸引敵人追殺自己，讓兔兒及其他船員趁機逃出了母體。分析師則以群體模式控制母體內的普通人類變成自殺大軍來對付兩人。尼歐和崔妮蒂最終逃到一座摩天大樓頂樓，走投無路下，兩人從樓頂縱身一躍，結果竟使崔妮蒂發動了尼歐原有的飛行能力，反而是尼歐變得無法飛行，最後只能由崔妮蒂拉著尼歐飛離分析師的追殺。

最後，尼歐和崔妮蒂再度回到母體拜訪分析師，並表示兩人接下來將改革母體，要分析師不要插手，否則將面臨更嚴重的後果。說完，兩人一同飛走了。

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此片為2003年電影《駭客任務完結篇：最後戰役》的續集、「駭客任務系列」的第四部作品。離上次將近20年，南女主角也都老了，劇情是把前三集當成電腦遊戲，這可能是讓粉絲無法接受的點，雖然網評不好，我倒覺得還不差。